Hasta ahora la herramienta de Google Webmaster Tools (y las de otras plataformas) únicamente te permitían validar la propiedad de un sitio mediante un fichero de texto, HTML o XML que se subía a la carpeta raíz de tu sitio web, o mediante un meta-tag que se debía incorporar en la página inicial del sitio.
Ahora Google ha añadido un nuevo sistema de validación (que ya se utilizaba de forma similar en otros productos) que es el de las DNS. Básicamente lo que se pide es crear una entrada TXT que incluye la misma información que el HTML.
Recuerda que aunque añadas la entrada TXT, es posible que el sistema tarde unas horas en reconocer esta entrada, ya que las DNS han de replicarse por algunos servidores.
No sé en que tipo de aplicaciones web no es posible modificar el Head para añadir el código de valicación.